回到巴黎的路易斯，开始着手于当时已成为问题的炭疽病的研究。

炭疽病是牛、羊、马等易患的可怕疾病。之前好好的牛、羊、马，突然颤抖、鼻口流血，不久就会死掉。从发病到死亡时间极短，牧羊人对其察觉的时间都没有，等到察觉了，牛、羊、马也已经死了。

在法国，每年都有很多家畜因这种病而死亡，这让畜牧业受到很大的损害。有些地方，死于炭疽病的羊群占全体的1/4或1/3，有的甚至高达半数。

容易发生炭疽病的地方，常被称为“炭疽地方”、“被咒的原野”、“被咒的山”等，使畜牧业者避之唯恐不及。

更厉害的是，人类也受到这种病的感染。牧羊人、肉商、鞣革工人等处理家畜的人，往往由于小小的擦伤就会引起恶性肿疡，并因此丢掉性命。

这么可怕的炭疽病，到底是怎么发生的呢？

检查因炭疽病死亡的动物的血液，可以看到小棒状或丝状的东西。

有位名叫达威恩的兽医，读到了路易斯有关酵母菌发酵的论文，因而推想：“病血中见到的奇妙东西，可能像酵母菌一样地活动，在血液内繁殖，而成为炭疽病的原因。”小棒状的东西如果是炭疽病的致病原因，那么，将因炭疽病死亡的动物血液，输到健康动物的身上，该动物也应会生炭疽病而死亡的。

达威恩据此实验的结果，健康动物在输入病血后果然发病死亡，尸体血液中又发现了小棒状的东西。

达威恩将小棒状物命名为“细菌”，并宣布说：“炭疽病和‘细菌’有关系，已经不容置疑了。”

不过，有两位军医学校的教授依此实验，结果健康动物死了，但尸体血液中并没有发现“细菌”。所以，他们断言：“炭疽病并不是由于‘细菌’引起的。”并表示反对。

达威恩重做实验，然后宣布：“两位反对论者所输入的，是炭疽病以外的东西。”

“那么，那个病是什么？输入了因炭疽病死亡的动物的血液，为什么会引起其他的病呢？因炭疽病而死亡的动物尸体中，是不是存在两种病？”被反对论者如此反驳的达威恩，不能明确地解答，因而他遭受了激烈的攻击。炭疽病的问题，依然是在暗云黑雾中不能解决。

路易斯想开始做炭疽病研究的时候，正是这样的混沌状态。他看到达威恩依据自己的学说而做的研究正受围攻，他不能袖手旁观，置之不理。于是他马上订立实验计划，着手炭疽病的研究了。

他先将烧瓶洗净，用高温杀菌，瓶中放入中性或弱碱性的尿，尿也是先加热处理过的，使它不含有任何孢子。路易斯取出一些因炭疽病死亡的动物血液，加入少量放在瓶中。没过多久，出现泡沫似的东西浮在液面上，这时候他取一小滴放入第二瓶内予以培养，当第二瓶出现泡沫时，再取一滴放入第三瓶，如此重复，一共做了40瓶。

路易斯为什么要这样做呢？

如果最初加入的一滴血液中，含有“细菌”以外能引起炭疽病的无生命的毒素的话，这个毒素经过40次的稀释以后，在第四十瓶内等于没有了，剩下的应该只有“细菌”了。换句话说，第四十瓶是“细菌”的纯粹培养液。

路易斯取出第四十瓶的一滴**，接种于健康的动物，结果该动物患炭疽病死亡，而且，这个“细菌”产生了类似孢子的东西。将它接种于健康动物来观察，就会见到孢子似的东西长出芽来，变成小棒状，接着变成丝状而大量繁殖，而被接种的动物则死于炭疽病。

炭疽病由“细菌”引起，经过这次实验而予以确定，但是仍不足以说明军医学校两位教授所做的实验。

取出因炭疽病而死亡的动物的血液，输到健康动物体内而使它死亡，但为什么尸体内找不到“细菌”呢？

路易斯为了求证，完全按照军医学校教授们的实验，重复做了一次。结果，终于获得了可以说明一切的证据。

军医学校的教授们，是从死了相当久的动物取血，这种血液里，除“细菌”外，还含有许多足以使东西腐败的微小生物。被输入这种血液的健康动物，由于体内进入了多量的腐败性微小生物，发生败血症而死亡，而在尸体内也就找不到“细菌”了。

长久悬而未决的炭疽病问题，由于路易斯的研究，出现了一线曙光。

虽然还有很多问题等待着他去解决，比如说炭疽病是怎样传染的、如何预防等问题，但是炭疽病的原因已经揭晓了。

当时的大部分医生，并不承认路易斯的研究。

路易斯不是医生，医学知识并不丰富，他居然完成了医学专家们都不曾完成的工作，难怪那些医生们心里不舒服。

路易斯身处苦境，孤立无助，要面对众多反对者论战，他不能有丝毫的错误和失败。要使反对者信服，只有将证据**裸地呈现在他们眼前。

反对论者的攻击全是意气用事。有位兽医学校教授，对路易斯所说的任何事都反对，可以说是为了反对而反对。

路易斯说母鸡不会得炭疽病。这位兽医马上说：“没有比使母鸡得炭疽病更容易的事了。”

“那么，请给我一只得了炭疽病的母鸡，行不行？”路易斯拜托他说。

这位兽医答应了，但是过了好多天都没拿来。

不久后路易斯遇见了这位兽医，很客气地询问他：“你真的能够找得到患炭疽病的母鸡吗？”

他回答说：“相信我好了，下个星期一定给你。”但是，过了很久他还是没有拿来。

路易斯再次碰到他的时候，又催他说：“怎么样，你又忘记了吗？”

兽医吞吞吐吐回答：“炭疽病的实验，我才在做第二次，近几天之内，我会送到你那里的。”

几个星期过去了，还是没有任何消息。后来他终于承认了他没办法让母鸡患上炭疽病。

路易斯这时微笑着说：“好吧，你做不到的话，我来做给你看。几天内，我会带一只患了炭疽病的母鹅到你那里去的。”

路易斯曾经说过，母鸡不会患炭疽病。其实，他已经通过实验知道可以使母鸡患上炭疽病的办法了。

普通状态下的母鸡，接种了“细菌”培养液也不会患病，那是因为母鸡的体温较羊、马高，使“细菌”无法繁殖而终于消失。路易斯认为：“降低母鸡的体温，使之与牛、羊体温一样，或许会感染炭疽病。”他就据此设计了一个巧妙的实验。

把接种过“细菌”的母鸡和没接种的母鸡，都放进水槽内，使它们1/3的身体浸在水里面。结果，接种的患了炭疽病而死亡，没接种的仍然活蹦乱跳。

惊异于路易斯正确实验的结果，也有人称赞他的研究，不过仍然只是少数人。少数人中之一的塞迪育博士，就曾在院士会议中大加赞扬。

塞迪育博士建议说，由路易斯研究而大白于天下的，以显微镜能见到的种种微小生物，总称为“微生物”。路易斯表示同意，于是“微生物”这一专门名词正式诞生。

达威恩用以称呼炭疽病病原的“细菌”这一名词，随着微生物学的发展，没过多久，转用于总称体积极小，形态呈球状、杆状或丝状的这一类微生物了。